EDI prosesinde su, ardi ardina dizili katyon ve anyon degistirici membranlardan geçer. Dogru akim (DC) iyonlarin membranlara dogru hareket etmesini saglar. Katyon degistirici membran eksi yüklenerek katyonlarin, anyon degistirici membran ise arti yüklenerek anyonlarin geçirilerek saf su üretilmesini saglar.
EDI membranlarinin periyodik olarak tikanmaya karsi temizlenmesi gerekmektedir.